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Rhaphoneis amphiceros (Ehrenberg) Ehrenberg, 1844
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Rhaphoneis angulata Fenner, 1976
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Rhaphoneis belgica Grunow, 1881
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Rhaphoneis belgica var. intermedia Grunow, 1881
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Rhaphoneis clavata Andrews, 1978
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Rhaphoneis cocconeides Schrader, 1973
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Rhaphoneis elliptica Schrader, 1976
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Rhaphoneis fatula Lohman, 1938
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Rhaphoneis fluminensis Grunow, 1862
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Rhaphoneis fusus Ehrenberg, 1844
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Rhaphoneis lancettula Grunow
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Rhaphoneis liburnica Grunow, 1862
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Rhaphoneis mediopunctata M. Hajós
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Rhaphoneis minutissima Hustedt, 1939
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Rhaphoneis miocenica Schrader, 1973
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Rhaphoneis nitida (Gregory) Grunow, 1868
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Rhaphoneis ossiformis Schrader, 1976
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Rhaphoneis parallelica Schrader, 1976
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Rhaphoneis petropolitana Grunow, 1886
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Rhaphoneis praeparilis Andrews, 1987
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Rhaphoneis robustata Schrader, 1976
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Rhaphoneis schulzii N. V. Anissimowa
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Rhaphoneis scutelloides Grunow, 1862
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Rhaphoneis simonsenii D. Mertz
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Rhaphoneis tatsunokuchiensis Koizumi, 1972
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